С ума сошли генетики от ген и хромосом

[egovoru]

Понимание биологической эволюции и без того трудно дается: заметные изменения у заметных организмов требуют времени, намного превышающего не только длительность человеческой жизни, но и всей нашей истории. А тут еще и сами эволюционные биологи наводят тень на плетень. Об одном таком случае я здесь уже писала, но еще больше это обнаруживается в новой книжке Евгения Кунина.

Целая глава в ней называется «Эволюция по Ламарку», и в качестве первого примера предлагается так называемая CRISPR защита бактерий от вирусов. Расшифровка этой аббревиатуры не важна для существа дела, а оно состоит в том, что бактерия захватывает кусок генома напавшего на нее вируса и встраивает его в свой. Потом она использует этот кусок для распознавания и уничтожения таких вирусов при их повторной атаке (примерно так, как пограничники, имея фотографию террориста, вяжут его при попытке проникнуть в страну).

Схема CRISPR защиты (из анонса на сайте Гарварда): (1) вирус проникает в бактериальную клетку; (2) кусок вирусного генома встраивается в CRISPR-последовательность бактериального генома; (3) синтез CRISPR-РНК; (4) CRISPR-РНК направляет клеточную систему защиты на вирусный геном во время повторной атаки

Напомню, что идея Ламарка состояла в том, что изменение условий среды приводит к изменению строения организма, которое передается его потомкам. Ламарк, конечно, ничего не знал о механизме наследственности; но мы-то кое-что знаем. А раз так, то негоже нам называть «наследуемым влиянием среды» захват чужого генетического материала.

Разумеется, все, что не является рассматриваемым организмом, формально может быть обозначено как «среда». Кунин пользуется этой возможностью, причисляя к «среде» и чужеродные гены. Но по этой логике следует назвать «средой» и генного инженера, создающего генно-модифицированный организм :)

На самом деле в переводе на современный язык гипотеза Ламарка означает, что регулярное вытягивание шеи привело бы к такому изменению последовательности нуклеотидов в жирафьей ДНК, что шеи его потомков стали бы длиннее. Ни один из разбираемых Куниным примеров не подходит под эту схему: бактерия приобретает «иммунитет» к вирусу отнюдь не путем упражнения в сопротивлении ему.

Мы уже обсуждали здесь занимательную книжку Джона Хоргана. Побеседовав с несколькими крупными эволюционистами, он пришел к выводу, что им не дают покоя лавры Дарвина. Действительно, едва ли можно назвать биолога, труды которого имели столь же фундаментальное значение. Отсюда (подсознательное?) желание увидеть сенсационное опровержение его взглядов даже там, где и близко нет ничего такого :)

Comments

[mary-spiri.livejournal.com]

Любой горизонтальный перенос генов технически есть наследование приобретенных признаков, равно как и встраивание вируса в геном. Не вижу, чем Криспр принципиально  отличается от лизогенного фага, который с собой приносит устойчивость к другим фагам. Но мне кажется, что Ламарк совсем не это имел  в виду, не прямую  передачу  куска информации, а постепенное развитие фенотипического признака с закреплением в потомстве. Чего вроде как не бывает, если отвлечься от эпигенетики и метилирования ДНК.

[egovoru.livejournal.com]

Да, горизонтальный перенос генов Кунин тоже называет ламарковским наследованием - на мой взгляд, с еще меньшим основанием. Здесь, в криспре, мы хотя бы действительно видим приспособительный результат захвата чужого гена; в общем же случае такого нет, так что горизонтальный перенос в эволюционном смысле совершенно ничем не отличается от случайной мутации.

Еще он говорит о явлениях увеличения интенсивности мутагенеза (в первую очередь, за счет активности транспозонов) в стрессовых условиях. Этот механизм, тоже, конечно, никак не попадает под рубрику ламаркизма.

Конечно, Кунин всячески оговаривется, что все эти явления обнаруживают только отдельные черты ламарковской схемы и называет их "квазиламарковскими", но, на мой взгляд, он зря вообще употребляет это слово. Ламарк, конечно, был гений - на том уровне знаний о наследственности его гипотеза была блестящей, но сейчас мы знаем, что ничего такого не бывает.

Кунин выделяет еще и какое-то "наследование по Райту": как я поняла, это тогда когда случайная полезная мутация закрепляется не за счет отбора, а за счет дрейфа генов. На мой взгляд, нечестно называть это механизмом приспособительной эволюции, потому что на одну полезную зафиксированную дрейфом мутацию приходится масса неполезных.

Мне кажется, все эти усилия доказать, что отбор играет ограниченную роль - очень вредны для широкой публики. Специалист, и даже просто биолог, отлично понимает все эти детали, но у обычного читателя в голове образуется полная каша. Следующим шагом он начинает думать, что и Лысенко был прав и т.д. Так что, на мой взгляд, надо трижды взвешивать, прежде чем писать такие вещи. Называть же чужие гены "факторами среды" - на мой взгляд, это полный абсурд :( Настоящее передергивание :(

Но вообще-то книжка Кунина - кладезь знаний, и написана она совсем неплохо. Я собираюсь постепенно прочесть ее целиком, чтобы получить апдейт состояния этих областей, от которых я профессионально весьма далека. А тебе не приходилось ее читать?

[egovoru.livejournal.com]

Ну вот, за КРИСПР уже и нобелевку дали (https://www.quantamagazine.org/2020-nobel-prize-in-chemistry-awarded-for-crispr-to-charpentier-and-doudna-20201007/)! Вполне одобряю такой выбор: это действительно очень важное открытие и с фундаментальной, и с прикладной точки зрения. Я, конечно, не могу сказать, именно ли эти две дамы внесли основной вклад, потому что я далека от этой области, но само открытие определенно заслуживает высшей награды. Им, конечно, повезло, что их там не набежала сразу целая толпа, как в случае с нашей оптогенетикой :)

[evgeniirudnyi.livejournal.com]

Если я правильно вас понял, то ваша позиция сводится к тому, что и так все понятно, и поэтому не надо умничать. Хотя, насколько я помню, вы например до сих пор не озвучили внятную позицию по вопросу, сводится биология к физике и химии или нет.

Кстати Карл Вёзе в своей статье Woese C.R., Goldenfeld N. (2009). How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 73, 14–21 при обсуждении эволюции цитирует Alfred North Whitehead: “A science which hesitates to forget its founders is lost”.

[egovoru.livejournal.com]

"Если я правильно вас понял, то ваша позиция сводится к тому, что и так все понятно, и поэтому не надо умничать"

Книжка, которую мы обсуждаем, вообще-то очень хорошая - рекомендую ее Вам: это детальная сводка современного состояния науки о наследственности и эволюции; ее полный текст наконец-то появился в сети, по ссылке из поста. К тому же написана она внятным языком без перегрузки техническими деталями. Но в главе о механизмах эволюции уважаемый автор незаметно производит подмену понятий, как фокусник незаметно достает кролика из рукава ;)

Когда мы говорим об адаптивном наследуемом влиянии среды, то мы имеем в виду влияние среды на гены (можно было бы сказать на ДНК, но у некоторых вирусов в качестве генетического материала выступает РНК). Среда - это по определению не гены, потому что в противном случае мы должны были бы говорить о взаимодействии генов с генами, а вовсе не о влиянии среды на них.

А пример, который приводит Кунин (описанный в посте) - как раз и есть пример взаимодействия генов с генами, как и весь более широкий класс явлений горизонтального переноса генов (который он тоже называет "квази-ламарковским" наследованием - "квази", поскольку у такого переноса в общем случае еще и нет никакой приспособительности). На самом же деле все эти явления к "влиянию среды", а следовательно и к ламаркизму, не имеют никакого отношения.

[vls-smolich.livejournal.com]

Извините, но, по-моему, в данном случае на вас всё же оказывает большое влияние идеология -- в том плане, что не стоит о чём-то говорить, потому как народ не поймёт.
А когда идеология начинает оказывать влияние на научный процесс это однозначно идёт в ущерб науке.

[egovoru.livejournal.com]

"на вас всё же оказывает большое влияние идеология -- в том плане, что не стоит о чём-то говорить, потому как народ не поймёт"

Не совсем так: я вовсе не предлагаю утаивать что бы то ни было от народа. Речь здесь идет об интерпретации результатов, и та, которую дает уважаемый автор, на мой взгляд, неверна по существу.

Называя чужеродные гены "средой", он подтасовывает карты. Ламаркизм, в переводе на современный язык, предполагает "обратный ход" информации от белка к нуклеиновым кислотам, а такого в природе не бывает, и сам Кунин многократно и недвусмысленно это подчеркивает.

Если же организм захватывает кусок чужеродного генома, как в рассматриваемом случае, это никак нельзя считать "влиянием среды". Среда - это по определению не гены: иначе все рассуждения о передаче генетической информации теряют смысл. Называние чужих генов средой чрезвычайно запутывает, поскольку сразу предполагает, что, например, и хорошее питание обеспечит Вам более упитанных детей, а такого не бывает - ни у людей, ни у бактерий. Биолог, скорее всего, не станет делать такого вывода, но вот широкая общественность, со школы помнящая о ламарковом жирафе - очень даже :(

Все примеры, которые описывает Кунин, либо заключаются в захвате чужого генетического материала, либо не имеют непосредственного приспособительного значения. К этой последней категории относится увеличение частоты мутаций в стрессовых условиях: в конечном итоге это помогает, т.к. расширяет базу отбора, но каждая конкретная мутация отнюдь не приспособительная.

[egovoru.livejournal.com]

Немного переписала основной текст, чтобы еще лучше прояснить свою мысль. Не знаю, стало ли понятнее, что я хочу сказать?

[macroevolution.livejournal.com]

В ответ на Ваше сообщение.
Я давно заметил, что у людей существует огромная изменчивость по признаку, который можно назвать "нетерпимостью к неточности" (или просто "суровостью"). Люди, у которых этот признак сильно выражен, могут поднять шум по поводу малейшего несоответствия: то, что для одних -близкие, схожие понятия, для них - "да вы что, это же абсолютно разные вещи, разве вы не видите, что они различаются вот по этому признаку на целых 5%, как можно их отождествлять!" Например, однажды я видел очень яростный пост, в котором доказывалась, что вся современная генетика построена на лжи, что это вообще сплошной обман, а не наука. Обосновывалось это тем, что "гены" в понимании классиков генетики начала 20 века, и те "гены", о которых говорят сегодня - суть понятия совершенно разные! Классическая генетика не знала того-то и того-то, не подозревала о ДНК и таких-то процессах, с ней происходящих, а значит, нынешние "гены" не тождественны исходным "генам", т.е. налицо подмена понятий и злонамеренный, подлый обман.
По мне так это ерунда, потому что у меня эта самая "суровость" на минимуме (а у Вас, вероятно, на максимуме, поэтому я осознаю, что мой комментарий может вызвать у Вас лютое неприятие), и мне представляется, что понятие "ген" постепенно развивалось, менялось, уточнялось, как и генетика, но в общем и целом это не принципиально, а точный смысл, который вкладывали в это слово первые генетики, интересен по большому счету только историкам науки.
CRISPR напоминает ламарковское наследование, потому что налицо наследование приобретенного адаптивного признака, а под "ламарковским наследованием" сегодня обычно подразумевают именно наследование приобретенных в течение жизни адаптивных признаков. А уж что там в точности писал сам Ламарк, влияние среды и все прочее, никто и не знает, кроме историков науки. Помер Клим, да и хрен с ним. Это, конечно, плохо, что публика плохо знает классиков, но такова реальность.
Я на лекциях говорю про CRISPR так: в этом случае природа, пожалуй, ближе всего подошла к тому, что можно назвать "ламарковским наследованием". Хотя это очень специфический случай; новая информация, добавляемая в геном, уже сразу записана на языке ДНК и т.п. Как-то так.
Особого вреда я не вижу от того, что пишет Кунин. Его книга слишком сложна для того, чтобы люди, настолько тупые, чтобы использовать в каких-то пропагандистских целях его слова о ламарковском наследовании, прогрызлись сквозь этот текст. А биологи, как Вы сами пишете, сами все прекрасно понимают.

[egovoru.livejournal.com]

Спасибо за подробный комментарий. Согласна с Вами насчет разной степени "нетерпимости к неточности" (которую, кажется, называют еще "педантизмом" ;)

Дело, однако, не только в степени неточности, но и в ее качестве: бывает неточность в букве, а бывает - в духе, и здесь, мне кажется, случай именно последнего :( Популяризация научный открытий неизбежно сопровождается некоторым "сглаживаением углов", и я это очень хорошо понимаю (я не написала ни одной популярной книжки или даже статьи, но много лет занималась преподаванием в биошколе). Тем не менее, одни вольности - допустимы, а другие - нет, потому что искажают существо дела :(

"CRISPR напоминает ламарковское наследование, потому что налицо наследование приобретенного адаптивного признака"

Да, но этот признак приобретен вместе с чужеродной ДНК, и это принципиально.

"А уж что там в точности писал сам Ламарк, влияние среды и все прочее, никто и не знает, кроме историков науки"

Не уверена. Гипотеза Ламарака входит (или, по крайней мере, входила) в школьную программу, a жираф, вытягивающий шею, хорошо запоминается ;)

Ламаркизм означает нарушение криковской "центральной догмы", наличие "обратного потока" информации от белка к нуклеиновым кислотам. А ведь ничего подобного, и сам Кунин это многократно подчеркивает, не обнаружено.

"Его книга слишком сложна для того"

В том-то и дело, что его книгу читают люди далеко не дремучие, но и не биологи - например, ее прочел и хвалебно о ней отзывается физик flying_bear. А главное, влияние книги на общество осуществляется ведь далеко не только в том, что кто-то ее читает, но и косвенно: один прочел, рассказал другому и т.д.

Идея же существования ламарковского наследования внедряется в массы, например, и лекцией Кости Северинова на "Постнауке" :(

[zlata-gl.livejournal.com]

"Его книга слишком сложна для того, чтобы люди, настолько тупые, чтобы использовать в каких-то пропагандистских целях его слова о ламарковском наследовании, прогрызлись сквозь этот текст. А биологи, как Вы сами пишете, сами все прекрасно понимают."
Спорно.
То, что популярная книга упрощает многие вещи, содержит неточности, - это совершенно нормально.
К этому я никогда не придираюсь, если знаю какой-то предмет - глубже.

Но кроме "неленивого любителя", есть много людей, которые сами Кунина не прочтут, а станут читать перепевы всяких
журналистов , спекулянтов и холиварщиков.
И вот спекулянты - могут успешно попользоваться кое-чем.

[macroevolution.livejournal.com]

"хорошее питание обеспечит Вам более упитанных детей, а такого не бывает - ни у людей, ни у бактерий."
Вот кстати, как раз бывает. Например, у дафний, да и у дрозофил тоже. Хорошо питающаяся, откормленная самка откладывает более крупные или более богатые желтком яйца (по сравнению с тощей, недокормленной самкой с таким же генотипом), и из них развивается более крупное (в среднем) потомство . Это называют "материнским эффектом" (хотя у данного термина есть и другое значение). Это - вполне себе наследование приобретенного признака, но наследование негенетическое, эфемерное, неустойчивое.

[egovoru.livejournal.com]

Да, и, кажется, такой эффект проявляется даже и у людей. Но, как Вы и сами пишете, такое наследование "эфемерно" - т.е., оно быстро затухает в поколениях: собственно, оно и проявляется только в первом.

Кстати, уж заодно позвольте спросить: ведь и действие эпигенетических изменений (метилирования ДНК, конденсации хроматина и т.д.) сохраняется в поколениях недолго, если устранить вызвавший его исходно фактор среды?

Интересное обсуждение книги Кунина

[livejournal.livejournal.com]

User flying_bear referenced to your post from Интересное обсуждение книги Кунина (http://flying-bear.livejournal.com/2214712.html) saying: [...] Обсуждают биологи: http://egovoru.livejournal.com/88666.html [...]

[a-gorb.livejournal.com]

”Побеседовав с несколькими крупными эволюционистами, он пришел к выводу, что им не дают покоя лавры Дарвина. Действительно, едва ли можно назвать биолога, труды которого имели столь же фундаментальное значение. Отсюда (подсознательное?) желание увидеть сенсационное опровержение его взглядов даже там, где и близко нет ничего такого ;)”
Интересное наблюдение. Думаю, что вы правы.
В области физики наблюдается аналогичное, только роль Дарвина играет Эйнштейн. Разница в том, что в области физики серьезные ученые этим не занимаются, а вот фриков очень много, за примерами далеко ходить не надо: http://science-freaks.livejournal.com/2839844.html

[egovoru.livejournal.com]

Нет, в эволюционной биологии это далеко не фрики: все перечисленные мною люди (включая автора обсуждаемой в посте книжки!) - именно серьезные ученые, которые внесли существенный вклад в свою науку. Но им очень хочется доказать, что их открытия опровергают Дарвина ;)

К Ламарку

[jescid.livejournal.com]

Отюда (http://flying-bear.livejournal.com/2214712.html?thread=31819576#t31819576): идея Ламарка — наследование приобретённых признаков. Сторонники — Л.
Основной кипёж инициирован по её поводу т.н. ортодоксальными дарвинистами, авторам т.н. модерн синтеза (сторонники — М.С.), чего Дарвин ни разу не был автором.
Сторонники Дарвина — Д.

1. Вытягивание (прото)жирафом шеи в виду того, что (прото)жираф питался чем-то высоко могло происходить за счёт среды — тут ни Д., ни Л. не имеют противоречий. Вейсмановский барьер был введён после Дарвина, точно так же Дарвин ничего не знал про ДНК, более того, у него была теория пангенеза, с геммулами как насл. веществом, которое передаётся по Ламарку, т.е. родитель может приобрести какую-то вариацию и передать её потомку.
Далее, Дарвин объяснял возникновение жирафа тем, что те протожирафы, которые имели чуть длиннее шеи, были в выигрышном положении и потому позднее победил сильнейший (привет викторианской эпохе) — побеждали только те, у кого шея была всё длиннее и длиннее. Получился жираф.

2. Ламарк был сказал, что еда находилась всё выше и выше (видимо потому, что еда была всё выше и выше — это именно среда), из-за чего прото-жирафы каким-то образом эволюционировали в Жирафов. Ни про ДНК, ни про вейсмановский барьер Ламарк тоже ничего не знал. Т.е. он никак не специфицировал механизм передачи более длинной шеи родителя. Например, если предположить, что более длиношеий индивидуум получит больше еды и потому даст более высокого (и длиношеего!) потомка — тут ни Дарвину, ни Ламарку ничего не противоречит. Одна МС. тут уже могут завестись и начать петь свои обычные псалмы про передачу насл. информации только благодаря господу богу случайным мутациям.

На вс. случай, сарказм по поводу религиозности МС. — это не моё личное наблюдение :)

И расскрин комментария

[jescid.livejournal.com]

— Картинка взята из лекции James Shapiro, книга которого (https://www.amazon.com/Evolution-View-21st-Century-paperback/dp/0133435539/) ещё посильнее аргументами будет (собственно Кунин и правда слабоват с ними, тут я с вами соглашусь… — выглядит так, что просто старается успеть за чемпионами :))

[занятно, что тот кум Кунина так и не смог расскринить этот мой комментарий :]

[nibope.livejournal.com]

Ни к Ламарку, ни к Дарвину это все не имеет прямого отношения. Вообще. Кунин просто предлагает называть один тип наследственности ламарковским, а другой - дарвиновским. В первом случае происходит некая активная адаптация с применением особых механизмов, а во-втором - естественный отбор случайностей.
Я с ним был согласен в том смысле, что это было бы удобно и всем хорошо понятно. Но Ваш пример сильного недоумения показывает, что, может быть, я ошибся. Соответственно, ошибся и Кунин. Возможно, что ему просто хотелось хорошенько потроллить ортодоксов СТЭ.
А на мнение Jescid не обращайте внимание, это очень своеобразный юзер.

[egovoru.livejournal.com]

"Ни к Ламарку, ни к Дарвину это все не имеет прямого отношения"

Я, конечно, согласна, что установить соответствие между взглядами, выдвигавшимися тогда, когда о механизме наследственности было ничего не известно, и современными, очень трудно. Но уж если это делать, то надо как следует все продумать.

"Ваш пример сильного недоумения показывает, что, может быть, я ошибся"

Если бы мне просто сказали, что вот, дескать, обнаружили ламарковское наследование, без приведения каких бы то ни было деталей, то что бы я подумала? Я бы подумала, что обнаружено исключение из так называемой "центральной догмы" Крика, т.е., что информация передается только от нуклеиновых кислот к белкам, но не обратно - потому что именно так, на мой взгляд, идея Ламарка переводится на современный язык (каждый понимает в меру своей испорченности ;) Но, как сам Кунин многократно подчеркивает в своей книжке, ничего подобного не обнаружено.

Кроме того, ведь у Ламарка была не одна, а две центральных идеи (что Кунину, конечно, прекрасно известно): наследованием благоприобретенных признаков он объяснял адаптацию, а стремлением к совершенствованию - морфологический прогресс. Соответственно, объявление о том, что обнаружена эволюция по Ламарку, означало бы, что обнаружено и это самое стремление к прогрессу. А что, Кунин действительно хочет это сказать? (Спрашиваю, потому что пока прочла далеко не всю книжку - я ее читаю выборочно, т.к. многое мне и так известно).

"Возможно, что ему просто хотелось хорошенько потроллить ортодоксов СТЭ"

Должна признаться, что попытки доказать, что Дарвин в чем-то ошибался, кажутся мне крайне утомительными. Существенно, что он правильно уловил центральную идею: отбор случайных наследственных изменений как механизм эволюции. Все остальное - детали.

"на мнение Jescid не обращайте внимание, это очень своеобразный юзер"

Спасибо за предупреждение, я постараюсь не увлекаться ;) Но, с другой стороны, я странен, а не странен кто ж?

[zlata-gl.livejournal.com]

Я не завсклад, не товаровэд и даже не биолог, а простой инженер...
Можно сказать свое рабочее слово ?
Кунина прочла. На три раза. Иначе - не осилить. Узнала много нового и интересного. (А также читала все 4 книги А.Маркова и много Докинза, включая "Эгоистичный ген" и "расширенный фенотип", которые, как и книга Кунина - на "неленивого любителя").

Но поминание всуе Ламарка - мне непонятно.
Я не люблю не только "ламаркизм", но и "дарвинизм".
Это слово - слишком соблазняет акцентировать внимание на том, что знает сегодняшний биолог (и даже - просто любитель) - и не знал Дарвин.

Почти одновременно с теорией Дарвина появились уравнения Максвелла. (В отличие от биологии, мы их 3 семестра долбали на радиотехническом факультете).
Но никто не говорит про "максвеллизм". И когда полвека спустя оказалось, что электроны и фотоны дискретны - никто не кричал "максвеллизм опровергнут !".
Или "мендеелевизм" - опровергнут или нет существованием изотопов ?
Дарвин создал свою теорию на гораздо более слабом фактическом материале, чем Максвелл. И удивительным образом указал путь биологам на много лет вперед. И направление оказалось очень успешным.

И да, я читала "Происхождение видов". И реально знаю, что там есть, а чего нет. Очень самокритичное начало. Типа "мы ничего не знаем ни о причинах изменений, ни о способах их наследования".
И Дарвин сосредоточился на закреплении полезных изменений путем отбора.

А Ламарк...
Я не читала оригинал, тут мне сложнее спорить. Если нам не врали в школе (а я училась уже после того, как генетика перестала быть "продажной девкой империализма, и законы Менделя мы проходили в 10-м классе) , что Ламарк считал, что жирафа тянет шею, и этот признак передается потомкам, то ничего такого не обнаружено. Насчет "стремления к совершенству" - тоже ничего. Да, второе можно толковать в смысле "разумного замысла".

И я не понимаю, зачем поминать Ламарка в темах горизонтального переноса генов и иммунитета у бактерий. ГПГ - здорово увеличивает возможности изменчивости. Но как и любые изменения - может быть полезным и вредным, значит дальше - все равно отбор.
Ламарк вообще про бактерии ничего не знал. И думал, что они могут самозарождаться из неорганики.

Кунин пишет про "положительный" и "очищающий" отбор, и как можно по генам узнать, что когда происходило. Очень интересно узнавать из первых рук, от человека, который сам по уши во всем этом и пишет множество статей в научных журналах.
Но зачем противопоставлять "положительный" и "отрицательный отбор" ? Бывают периоды быстрой эволюции, когда отбор движет эволюцию вперед, а потом - наступает застой и отбор только отсеивает неудачников, а вид остается стабильным. ИМХО, имя Кювье тут больше подходит, чем Ламарка.

А вообще - интересны факты, обобщения, а не "измы". И про РНК, и про "лес деревьев".
И эпатажные слова, типа "ламаркизма" - выглядят странно. "Ламаркизма" нет. Ну или - его там не больше, чем "алхимии" - в атомной бомбе. А ведь превращение элементов - это именно то, о чем мечтали алхимики. Можно даже золото получить.

И про "мультивселенную" - неубедительно.
Уже объяснены многие этапы эволюции. Найдется "недостающее звено" и на этапе появления генетического кода. Достаточно вероятные для того, чтобы хватило истории и размеров Земли или, на худой конец, - плюс еще примерно 15-ти порядков, добавляемых на число планет в нашей Галактике и на число галактик в обозримой Вселенной.

[egovoru.livejournal.com]

Кажется, Вы, не будучи биологом, гораздо отчетливее представляете себе современное состояние науки об эволюции, чем я - биолог ;)

О кунинской книжке как таковой мне судить пока тяжело, потому что я еще не прочла ее целиком. Но с Вашими словами о трудностях сопоставления взглядов людей, ничего не знавших о механизме наследственности, с нашими современными, я, конечно, совершенно согласна.

В журнале уважаемого flying_bear, который написал об этом моем посте, мне возразили, что, дескать, если я против притягивания имени Ламарка, то почему же я не возражаю против притягивания имени Дарвина? Да потому, что основная идея последнего - отбор случайных наследственных изменений - подтвердилась как механизм эволюции (точнее, появления приспособленности).

Тот факт, что эволюция не всегда приспособительна (а это, кажется, одна из главных мыслей Кунина в его книжке), ничего не меняет - не говорит о том, что Дарвин был неправ. Не говорят об этом и такие интересные явления, как CRISPR или горизонтальный перенос генов.

Вспоминая же Ламарка, не следует забывать, что его гипотеза держалась на двух столпах: наследовании благоприобретенных признаков и стремлении к прогрессу. Что же, в CRISPRе, который Кунин называет "ламарковским механизмом", он видит и наличие этого стремления? О том же, почему механизм, основанный на захвате чужеродной ДНК, не подпадает по ламарковскую идею наследования благоприобретенных признаков, я уже написала в самом посте.

Примечательнее всего, однако, здесь то, что проблема биологической эволюции до сих пор вызывает такие бурные страсти - прямо как во времена "бульдога Дарвина". Как Вы думаете, с чего бы это? Как Вы справедливо заметили, в физике вроде бы нет ничего подобного.

[duchifat.livejournal.com]

Я в свое время прочитал эту модную книгу, и свои впечатления о том, что понял, записал в дневнике (правда, я непочтителен, пишу сугубо для себя и могу обидеть кого резкими или необдуманными формулировками). Больше всего меня заинтересовала аналогия с термодинамикой (гены vs. белки с экстенсивными vs. интенсивными переменными). По-моему (хоть сама аналогия, наверно, не вполне оправдана), за ней какое-то очень фундаментальное противопоставление (текст vs. материя и т.п.)
http://duchifat.livejournal.com/1840739.html
http://duchifat.livejournal.com/1839601.html
http://duchifat.livejournal.com/1839351.html
http://duchifat.livejournal.com/1840456.html

[egovoru.livejournal.com]

Бегло просмотрела Ваши заметки, но обсуждать эти идеи пока не берусь, т.к. сама я прочла еще не всю кунинскую книжку, а только несколько фрагментов, а профессионально я далека от проблем эволюции.

[riftsh.livejournal.com]

Кунин недавно опубликовал статью о CRISPR-Cas иммунитете с привлечением новых, гораздо более подробных данных, появившихся после выхода книги, о которой Вы говорите. Из этой статьи видно, что адаптивный иммунитет у прокариот может быть более или менее ламарковским, с довольно широким распределением. Ламарковский хвост этого распределения на мой взгляд убедительно доказывает присутствие ламарковской эволюции в большой пестрой картинке. Не говоря уже про эпигенетику, которая чисто ламарковская.

[zlata-gl.livejournal.com]

В журнале А.Маркова и на его форуме есть разговоры с эпигенетиками, реально работающими в этой области.
Но сейчас из-за отмены поиска Яндекса - мне сложно найти.

Не очень-то она "ламарковская". В основном, сводится к тому, что при тяжелых погодных условиях (в самом широком смысле) - резко растет число мутаций, что неудивительно.
Некоторые мутации происходят во время эпигенеза (развития организма из яйцеклетки), а другие - в "зародышевой линии", и становятся наследственными.
Неудивительно, что случаются мутации в половых клетках одних особей, соответствующие мутациям в соматических клетках других особей.
Нужны расшифровки геномов всех версий в течение всего эксперимента.

UPD
Нашла !

[jack-johnson-v.livejournal.com]

Скажите, а как бактерия "видит" вирус, чтобы на него охотиться?

Похожа ли эта охота на это видео фагоцитоза -
https://www.youtube.com/watch?v=X6dEQq38ED4 - где лейкоцит "гонится" за бактерией? Или же она пассивно ждёт "атаки" со стороны вируса?
Если всё же первое - для меня огромная загадка, что за органы чувств должны быть у бактерии, чтобы она, встроив в себя ДНК вируса, могла "почувствовать" его на расстоянии.
Если второе - то не совсем понятно, как эти бактерии тогда могут использоваться для редакции генома в технологиях генной инженерии.

[egovoru.livejournal.com]

Нет, бактерия, конечно, вовсе не гонится за вирусом, это он на нее нападает. У всех бактерий внутри уже есть некая система разрушения РНК (во-первых, потому что надо в метаболических целях деградировать и свои отработавшие, а во-вторых - ликвидировать свои неправильно синтезированные). Но эту систему надо еще натравить на конкретную вирусную РНК, и вот это-то и достигается при помощи механизма CRISPR. Но и захватив кусок вирусной РНК, бактерия не становится охотником за вирусом, она использует эту систему только против вируса, уже впрыснувшего свою РНК в нее, как это показано слева здесь на картинке.

Лейкоциты же действительно распознают бактерий снаружи, потому что они ориентируются не на их ДНК/РНК, а на специфические белки на их поверхности. Но и то, для запуска реакции фагоцитоза нужен именно контакт, хотя лейкоциты реагируют и на некоторые низкомолекулярные вещества, выделяемые бактериями (http://vet.uga.edu/ivcvm/courses/VPAT5200/03_inflammation/02_acute/inflamm06.html) - то есть, они действительно могут выслеживать их на расстоянии, как охотничьи собаки :)

[yoginka.livejournal.com]

С увлечением прочитала этот старый пост и все комментарии к нему. Спасибо.

[egovoru.livejournal.com]

Я продолжаю думать, что то, как некоторые биологи-эволюционисты трактуют подобные явления - концептуально неправильно.

[ablertus.livejournal.com]

По моему Кунин имел ввиду не столько влияние среды, сколько влияние самого организма на собственный геном. По этой логике, просто HGT - это еще не ламарковский механизм, а вот стресс-индуцированный HGT (как и стресс-индуцированный мутагенез) он уже называет квазиламарковскими, поскольку организм влияет на частоту и локализацию мутаций. А значит, мутагенез перестает быть абсолютно случайным и независимым от организма источником изменчивости, как предполагается в дарвиновской модели. Стоило ли под это дело использовать имя французского ученого - вопрос к автору. По моему, Ламарк - это просто еще одна основопалающая фигура в истории эволюционного учения, и в данном случае он используется просто как раскрученный брэнд :)

[egovoru.livejournal.com]

"вот стресс-индуцированный HGT (как и стресс-индуцированный мутагенез) он уже называет квазиламарковскими, поскольку организм влияет на частоту и локализацию мутаций"

Давайте вспомним, в чем состояло существо идеи Ламарка. Он утверждал, что приспособительные изменения в органах происходят в результате их упражнения, и эти изменения передаются по наследству. Разве повышение частоты мутагенеза в стрессовых условиях подходит под это описание? Разве клетка как-то "упражняется" в преодолении их и тем повышает свою к ним устойчивость?

Далее, какой именно смысл Вы вкладываете в утверждение, что сам "организм влияет на частоту и локализацию мутаций"? Что такое "сам организм", не содержащий своих генов? На мой взгляд, гораздо более адекватное описание этой ситуации состоит в том, что стрессовые условия вызывают сбой механизма репликации ДНК (а вернее, отобранное отбором переключение его в другой, менее точный, режим).

Авторитет Ламарка как автора первой эволюционной теории, на мой взгляд, вовсе не нуждается в подобных попытках натянуть сову на глобус. Но нынешние эволюционисты, увы, порой идут даже на еще более сомнительный подлог - мне трудно понять, из каких соображений (https://egovoru.livejournal.com/73064.html) :(

Кто за честь природы фехтовальщик? (3)

[livejournal.livejournal.com]

User riftsh referenced to your post from Кто за честь природы фехтовальщик? (3) (https://riftsh.livejournal.com/393333.html) saying: [...] https://egovoru.livejournal.com/88666.html?thread=3039066&style=mine#t3039066 [...]