С ума сошли генетики от ген и хромосом

[egovoru]

Понимание биологической эволюции и без того трудно дается: заметные изменения у заметных организмов требуют времени, намного превышающего не только длительность человеческой жизни, но и всей нашей истории. А тут еще и сами эволюционные биологи наводят тень на плетень. Об одном таком случае я здесь уже писала, но еще больше это обнаруживается в новой книжке Евгения Кунина.

Целая глава в ней называется «Эволюция по Ламарку», и в качестве первого примера предлагается так называемая CRISPR защита бактерий от вирусов. Расшифровка этой аббревиатуры не важна для существа дела, а оно состоит в том, что бактерия захватывает кусок генома напавшего на нее вируса и встраивает его в свой. Потом она использует этот кусок для распознавания и уничтожения таких вирусов при их повторной атаке (примерно так, как пограничники, имея фотографию террориста, вяжут его при попытке проникнуть в страну).

Схема CRISPR защиты (из анонса на сайте Гарварда): (1) вирус проникает в бактериальную клетку; (2) кусок вирусного генома встраивается в CRISPR-последовательность бактериального генома; (3) синтез CRISPR-РНК; (4) CRISPR-РНК направляет клеточную систему защиты на вирусный геном во время повторной атаки

Напомню, что идея Ламарка состояла в том, что изменение условий среды приводит к изменению строения организма, которое передается его потомкам. Ламарк, конечно, ничего не знал о механизме наследственности; но мы-то кое-что знаем. А раз так, то негоже нам называть «наследуемым влиянием среды» захват чужого генетического материала.

Разумеется, все, что не является рассматриваемым организмом, формально может быть обозначено как «среда». Кунин пользуется этой возможностью, причисляя к «среде» и чужеродные гены. Но по этой логике следует назвать «средой» и генного инженера, создающего генно-модифицированный организм :)

На самом деле в переводе на современный язык гипотеза Ламарка означает, что регулярное вытягивание шеи привело бы к такому изменению последовательности нуклеотидов в жирафьей ДНК, что шеи его потомков стали бы длиннее. Ни один из разбираемых Куниным примеров не подходит под эту схему: бактерия приобретает «иммунитет» к вирусу отнюдь не путем упражнения в сопротивлении ему.

Мы уже обсуждали здесь занимательную книжку Джона Хоргана. Побеседовав с несколькими крупными эволюционистами, он пришел к выводу, что им не дают покоя лавры Дарвина. Действительно, едва ли можно назвать биолога, труды которого имели столь же фундаментальное значение. Отсюда (подсознательное?) желание увидеть сенсационное опровержение его взглядов даже там, где и близко нет ничего такого :)

Comments

[mary-spiri.livejournal.com]

Это не амбиции, это был пример откровенного воровства. Был мужик литовец из Ферментас, который Криспер изучал всю жизнь. И были люди, которые уволокли то, что по их мнению плохо лежало. И очень потом возмущались, что некий китаец упёр уже у них. И этим людям дали нобелевку. А суд китайцу пока присудил патенты. Это не борьба амбиций, а гоп-стоп.

[egovoru.livejournal.com]

"были люди, которые уволокли то, что по их мнению плохо лежало"

Scientific American вроде пишет (https://www.scientificamerican.com/article/three-crispr-scientists-win-prestigious-award-fanning-controversy-over-credit/), что проблема в том, что у этого Шикшниса не приняли статью, когда он подал ее в Cell, a потом - три месяца мариновали в PNAS:

"But bad luck with a journal made Šikšnys the forgotten man of CRISPR: Cell rejected his paper in April 2012 without sending it out for peer review. In contrast, when Doudna, Charpentier, and their colleagues showed that Cas9 could be programmed to cut DNA, their paper sped through the review process at Science and was published online in late June 2012. Šikšnys and his co-authors, meanwhile, had scrambled to find a more receptive journal and landed at Proceedings of the National Academy of Sciences, which published their paper three months after the Berkeley team’s".

[mary-spiri.livejournal.com]

Для справки: приоритет определяется не по дате публикации, а по дате прибытия статьи в журнал, submission. Это старое правило, которое действовало от царя Гороха. А ещё более всерьез, в патентном праве приоритет определяется по датировке лабораторных тетрадей. И тут литовца не обойдешь. Второе - Дудна похоже была оповещена о статье литовца и поспешила со своей статьей. Там иначе слишком много совпадений. Третье - премией ещё и Кунина обошли, который тоже этой системой занимался. Так что по мне все это очень дурно пахнет.