С ума сошли генетики от ген и хромосом

[egovoru]

Понимание биологической эволюции и без того трудно дается: заметные изменения у заметных организмов требуют времени, намного превышающего не только длительность человеческой жизни, но и всей нашей истории. А тут еще и сами эволюционные биологи наводят тень на плетень. Об одном таком случае я здесь уже писала, но еще больше это обнаруживается в новой книжке Евгения Кунина.

Целая глава в ней называется «Эволюция по Ламарку», и в качестве первого примера предлагается так называемая CRISPR защита бактерий от вирусов. Расшифровка этой аббревиатуры не важна для существа дела, а оно состоит в том, что бактерия захватывает кусок генома напавшего на нее вируса и встраивает его в свой. Потом она использует этот кусок для распознавания и уничтожения таких вирусов при их повторной атаке (примерно так, как пограничники, имея фотографию террориста, вяжут его при попытке проникнуть в страну).

Схема CRISPR защиты (из анонса на сайте Гарварда): (1) вирус проникает в бактериальную клетку; (2) кусок вирусного генома встраивается в CRISPR-последовательность бактериального генома; (3) синтез CRISPR-РНК; (4) CRISPR-РНК направляет клеточную систему защиты на вирусный геном во время повторной атаки

Напомню, что идея Ламарка состояла в том, что изменение условий среды приводит к изменению строения организма, которое передается его потомкам. Ламарк, конечно, ничего не знал о механизме наследственности; но мы-то кое-что знаем. А раз так, то негоже нам называть «наследуемым влиянием среды» захват чужого генетического материала.

Разумеется, все, что не является рассматриваемым организмом, формально может быть обозначено как «среда». Кунин пользуется этой возможностью, причисляя к «среде» и чужеродные гены. Но по этой логике следует назвать «средой» и генного инженера, создающего генно-модифицированный организм :)

На самом деле в переводе на современный язык гипотеза Ламарка означает, что регулярное вытягивание шеи привело бы к такому изменению последовательности нуклеотидов в жирафьей ДНК, что шеи его потомков стали бы длиннее. Ни один из разбираемых Куниным примеров не подходит под эту схему: бактерия приобретает «иммунитет» к вирусу отнюдь не путем упражнения в сопротивлении ему.

Мы уже обсуждали здесь занимательную книжку Джона Хоргана. Побеседовав с несколькими крупными эволюционистами, он пришел к выводу, что им не дают покоя лавры Дарвина. Действительно, едва ли можно назвать биолога, труды которого имели столь же фундаментальное значение. Отсюда (подсознательное?) желание увидеть сенсационное опровержение его взглядов даже там, где и близко нет ничего такого :)

Comments

К Ламарку

[jescid.livejournal.com]

Отюда (http://flying-bear.livejournal.com/2214712.html?thread=31819576#t31819576): идея Ламарка — наследование приобретённых признаков. Сторонники — Л.
Основной кипёж инициирован по её поводу т.н. ортодоксальными дарвинистами, авторам т.н. модерн синтеза (сторонники — М.С.), чего Дарвин ни разу не был автором.
Сторонники Дарвина — Д.

1. Вытягивание (прото)жирафом шеи в виду того, что (прото)жираф питался чем-то высоко могло происходить за счёт среды — тут ни Д., ни Л. не имеют противоречий. Вейсмановский барьер был введён после Дарвина, точно так же Дарвин ничего не знал про ДНК, более того, у него была теория пангенеза, с геммулами как насл. веществом, которое передаётся по Ламарку, т.е. родитель может приобрести какую-то вариацию и передать её потомку.
Далее, Дарвин объяснял возникновение жирафа тем, что те протожирафы, которые имели чуть длиннее шеи, были в выигрышном положении и потому позднее победил сильнейший (привет викторианской эпохе) — побеждали только те, у кого шея была всё длиннее и длиннее. Получился жираф.

2. Ламарк был сказал, что еда находилась всё выше и выше (видимо потому, что еда была всё выше и выше — это именно среда), из-за чего прото-жирафы каким-то образом эволюционировали в Жирафов. Ни про ДНК, ни про вейсмановский барьер Ламарк тоже ничего не знал. Т.е. он никак не специфицировал механизм передачи более длинной шеи родителя. Например, если предположить, что более длиношеий индивидуум получит больше еды и потому даст более высокого (и длиношеего!) потомка — тут ни Дарвину, ни Ламарку ничего не противоречит. Одна МС. тут уже могут завестись и начать петь свои обычные псалмы про передачу насл. информации только благодаря господу богу случайным мутациям.

На вс. случай, сарказм по поводу религиозности МС. — это не моё личное наблюдение :)

И расскрин комментария

[jescid.livejournal.com]

— Картинка взята из лекции James Shapiro, книга которого (https://www.amazon.com/Evolution-View-21st-Century-paperback/dp/0133435539/) ещё посильнее аргументами будет (собственно Кунин и правда слабоват с ними, тут я с вами соглашусь… — выглядит так, что просто старается успеть за чемпионами :))

[занятно, что тот кум Кунина так и не смог расскринить этот мой комментарий :]

Re: И расскрин комментария

[egovoru.livejournal.com]

Посмотрела анонс книги по ссылке: звучит, действительно, очень радикально, но из анонса непонятно, в чем, собственно, заключается этот "радикально новый подход", который развивает автор. По опыту же я знаю, что часто "радикальная новизна" анонса оказывается крошечной морщинкой все на той же физионономии ;)

Слова "saltationism" я не знала; судя по гуглу, это нечто вроде катастроф Кювье. Если Вы прочли эту книжку, то буду признательна за краткий пересказ Ваших впечатлений.

Там нет ничего радикального

[jescid.livejournal.com]

> анонс книги по ссылке: звучит, действительно, очень радикально

испанский стыд… извините

Re: Там нет ничего радикального

[egovoru.livejournal.com]

Опять же, я не уловила, кого Вы тут стыдите, а книжку Шапиро я с тех пор прочла. По другой ветке я дала ссылку на мой пост о ней.

Не вешайте мне лапшу на уши :)

[jescid.livejournal.com]

По ссылке нерелевантно вообще. Да и уровень ниже undergraduate.
(если вам нужен ориентир: взрослый уровень, это когда вы можете объяснить в нескольких фразах почему направление транскрипции идёт 5' → 3')

> Секвенирование ДНК – относительно несложная техническая задача

Дико извиняюсь, но судя по контексту вы не понмаете что такое севенирование и что именно получается на выходе у секвенатора.
Комбинаторика дальще — вообще какой-то… эм… вы не в курсе, что такое мутация в контексте эволюции вообще, что ли?
Вы не понимаете, что в большинстве случаев при т.н. случайных мутациях организм не выживет или не сможет размножиться??
Что например мутация в одном нуклеотиде у TTS/TSS — и всё, сдох?

Re: К Ламарку

[egovoru.livejournal.com]

Должна признаться, что я не поняла, что Вы хотите сказать.

Я хочу сказать, что явление SRISPR/Cas неправомочно считать примером эволюции по Ламарку, потому что здесь происходит захват чужеродной ДНК, а не целесообразное изменение родной ДНК в результате упражения.

А как в одном предложении можно сформулировать то, что хотите сказать Вы?

Почитав комментарии спустя…

[jescid.livejournal.com]

К сожалению моя запись о методах Кунина не проиндексировалась гуглом и мне выдалось это.

> что явление SRISPR/Cas неправомочно считать примером эволюции по Ламарку

Простите за резкость, но это ж каким надо быть то ли идиотом, то ли идеологически кастрированной жертвой мейнстрима, чтобы приравнивать технику GoF к эволюции??

Вот с ребрендом GMO™ на GoF™ дьячкам с ad personal и склонностью посплетничать nibope уже труднее будет петь псалмы. Ой труднее :D

Re: Почитав комментарии спустя…

[egovoru.livejournal.com]

Боюсь, я не уловила, в чей адрес направлены Ваши слова "каким надо быть то ли идиотом"?

Зато, пытаясь восстановить контекст той нашей беседы 7-и летней давности и пройдя выше по треду, я обнаружила, что Вы упоминали книжку Шапиро, которую я успела с тех пор прочесть. У меня есть отдельный пост по ней (https://egovoru.livejournal.com/180172.html) - было бы интересно узнать Ваше мение, особенно если Вы тоже прочли эту книжку.

Вы не читали

[jescid.livejournal.com]

Пост не по ней.