С ума сошли генетики от ген и хромосом

[egovoru]

Понимание биологической эволюции и без того трудно дается: заметные изменения у заметных организмов требуют времени, намного превышающего не только длительность человеческой жизни, но и всей нашей истории. А тут еще и сами эволюционные биологи наводят тень на плетень. Об одном таком случае я здесь уже писала, но еще больше это обнаруживается в новой книжке Евгения Кунина.

Целая глава в ней называется «Эволюция по Ламарку», и в качестве первого примера предлагается так называемая CRISPR защита бактерий от вирусов. Расшифровка этой аббревиатуры не важна для существа дела, а оно состоит в том, что бактерия захватывает кусок генома напавшего на нее вируса и встраивает его в свой. Потом она использует этот кусок для распознавания и уничтожения таких вирусов при их повторной атаке (примерно так, как пограничники, имея фотографию террориста, вяжут его при попытке проникнуть в страну).

Схема CRISPR защиты (из анонса на сайте Гарварда): (1) вирус проникает в бактериальную клетку; (2) кусок вирусного генома встраивается в CRISPR-последовательность бактериального генома; (3) синтез CRISPR-РНК; (4) CRISPR-РНК направляет клеточную систему защиты на вирусный геном во время повторной атаки

Напомню, что идея Ламарка состояла в том, что изменение условий среды приводит к изменению строения организма, которое передается его потомкам. Ламарк, конечно, ничего не знал о механизме наследственности; но мы-то кое-что знаем. А раз так, то негоже нам называть «наследуемым влиянием среды» захват чужого генетического материала.

Разумеется, все, что не является рассматриваемым организмом, формально может быть обозначено как «среда». Кунин пользуется этой возможностью, причисляя к «среде» и чужеродные гены. Но по этой логике следует назвать «средой» и генного инженера, создающего генно-модифицированный организм :)

На самом деле в переводе на современный язык гипотеза Ламарка означает, что регулярное вытягивание шеи привело бы к такому изменению последовательности нуклеотидов в жирафьей ДНК, что шеи его потомков стали бы длиннее. Ни один из разбираемых Куниным примеров не подходит под эту схему: бактерия приобретает «иммунитет» к вирусу отнюдь не путем упражнения в сопротивлении ему.

Мы уже обсуждали здесь занимательную книжку Джона Хоргана. Побеседовав с несколькими крупными эволюционистами, он пришел к выводу, что им не дают покоя лавры Дарвина. Действительно, едва ли можно назвать биолога, труды которого имели столь же фундаментальное значение. Отсюда (подсознательное?) желание увидеть сенсационное опровержение его взглядов даже там, где и близко нет ничего такого :)

Comments

[yoginka.livejournal.com]

А я еще дальше от этой области, но тоже одобряю :)

Но еще больше меня порадовала премия по физике.

[egovoru.livejournal.com]

"Но еще больше меня порадовала премия по физике"

Ну да, Вы же сторонница взглядов Пенроуза на сознание. Премию, конечно, ему дали за совсем другие работы, но я опасаюсь, что косвенно это придаст весомости и этой ерунде про микротрубочки :(

[yoginka.livejournal.com]

Дело не в этом совсем. Он мыслит геометрически, я тоже. Поэтому его мне гораздо легче понимать, чем многих других. Именно с его слов я прочувствовала некоторые аспекты ОТО, в частности, тензоры кривизны. И возраст у него такой, что особо тянуть с признанием его многочисленных заслуг некуда.
А насчет "ерунды" - там же замешаны его идеи из области квантовой гравитации (https://en.wikipedia.org/wiki/Di%C3%B3si%E2%80%93Penrose_model), так что странно, что Вы так уверенно оцениваете это. В гравитации у него богатые интуиция и опыт, что и быпо признано наконец. Специалисты в этой области не считают это ерундой, идея вполне фальсифицуруема, и уже несколько лет идет проверка - пока накапливают статистику.
Еще об этом:
https://en.wikipedia.org/wiki/Penrose_interpretation
(А микротрубочки - это идея Хамероффа, они тут совершенно непринципиальны.)

[egovoru.livejournal.com]

O, я, конечно, могу комментировать только идею насчет микротрубочек - в гравитации же я ничего не понимаю. Но я опасаюсь, что из-за присуждения премии за совершенно другие заслуги теперь и дурацкие микротрубочки приобретут дополнительный авторитет в глазах людей, которые сами в них не разбираются.

[yoginka.livejournal.com]

В первой книжке Пенроуза микротрубочек нет, он о них тогда и не знал. Для его идеи не важно, в каких именно микрообъектах гравитация вызывает коллапс ВФ.

[egovoru.livejournal.com]

Может быть, Вам будет интересно: мой новый френд anhinga_anhinga, математик, который сам какое-то время занимался проблемами сознания, написал подробный разбор (https://www.cs.brandeis.edu/~bukatin/reading_penrose.html) представлений Пенроуза, с которыми он частично согласен, а частично нет. Мне самой, я опасаюсь, будет трудновато проследить его мысли по недостатку образования, а вот Вам - наверняка в самый раз :)

[yoginka.livejournal.com]

Спасибо, обязательно посмотрю.

PS. Я видела Ваши последние посты, в частности и этого комментатора. Интересно, но не вмешивалась, так как мы все это уже обсуждали, да и темы "безнадежные", можно бесконечно рассуждать об этом :)

[yoginka.livejournal.com]

Прочитала, не увидела несогласия с Пенроузом :) На мой взгляд, то, что anhinga_anhinga как бы оспаривает и для чего предлагает взамен свой вариант, не противоречит Пенроузу. Его вариант выглядит, как взгляд с другой стороны на то же самое.

Кстати, там нет никакой математики, вполне можете и сами почитать.
Интересное совпадение: попалось сегодня интервью (короткое, 9 мин.) с Пенроузом, где он как раз об этом и говорит - как согласовать КМ и ОТО.

[egovoru.livejournal.com]

"Прочитала, не увидела несогласия с Пенроузом"

Но ведь он начинает с того, что "We refute the arguments made by Roger Penrose that computability considerations suggest the impossibility of consciousness based on the current digital architecture of computers"?

[yoginka.livejournal.com]

Да, я как раз об этом и написала: "как бы оспаривает". Но видели, что он предлагает взамен?

[egovoru.livejournal.com]

Да, я тоже прочла эту его заметку. Мне самой, конечно, не кажется, что проблема КМ и сознания вообще как-то связаны, но, прежде чем рассуждать на эту тему, необходимо сформулировать какие-то осмысленные вопросы о сознании. Скажем, для меня осмысленным является такой вопрос: чем мозг человека в сознании отличается от мозга человека в коме? И мне представляется очень маловероятным, что для ответа на этот вопрос нам потребуется объединение КМ с ОТО - возможность неинвазивно регистрировать активность индивидуальных нейронов или хотя бы их цепей пригодилась бы тут гораздо больше. Но, надо полагать, и Пенроуз, и anhinga_anhinga пытаются отвечать не на этот, а на какие-то свои, совсем другие вопросы :)

[yoginka.livejournal.com]

Прежде всего, сознание Вы и они понимаете по-разному. Пенроуз так вообще сразу оговорил, что он не будет рассматриварь это мутное понятие, а сконцетрируется над одним его аспектом, связанным с пониманием математических высказываний. И он обосновал этот выбор тем, что если уж и надеяться что-то алгоритмизировать, то именно это.
Вы же, скорее, имеете в виду способность чувствовать боль и воспринимать окружающую обстановку.

[egovoru.livejournal.com]

Мне кажется, тут существенно даже не просто дать определение сознанию (хотя и это нелегко), но именно четко сформулировать вопросы, на которые мы пытаемся ответить.

[yoginka.livejournal.com]

Вопросы, тем более, разные.

[egovoru.livejournal.com]

Да. А как бы Вы сформулировали вопрос(ы), на который пытается ответить Пенроуз? Я помню, мы уже обсуждали это, но это сложные темы, к ним приходится возвращаться снова и снова.

[yoginka.livejournal.com]

Можно ли свести к алгоритму (в смысле машины Тьюринга) ПОНИМАНИЕ, которое есть у людей-математиков. ЛЮБОЕ ли математическое доказательство может быть сгенерировано с помошью этого гипотетического алгоритма (мы знаем, что не любое, если это делать по-простому, "в лоб").
Ключевое слово у него в рассуждениях - "understanding". (На сознание он даже не замахивается.)

[egovoru.livejournal.com]

К сожалению, определить, что такое "понимание", может быть, еще сложнее, чем определить, что такое "сознание". Можно, например, сказать, что "понять" что-то - это значит установить отношение этого чего-то, т.е., нового факта или понятия, ко всему, что уже имеется у нас в уме. Но для компьютера, очевидно, не составляет труда установить такое отношение с тем, что имеется у него в уме - собственно, компьютеры именно так и работают, так что они по определению "понимают" все, на что они вообще реагируют. Но Пенроуз, очевидно, хочет, чтобы компьютер устанавливал отношение нового факта к тому, что имеется в уме у нас?

[yoginka.livejournal.com]

Когда-то мы это обсуждали :) Я приводила и слова, которыми Пенроуз пытается осторожно обойти эту проблему. Он все это делает где-то в начале книги. Пенроуз прекрасно понимает что это его слабое место, не раз оговаривает, что он не доказывает строго, что человек не мыслит алгоритмами, а лишь приводит доводы в пользу этого.
//Но для компьютера, очевидно, не составляет труда установить такое отношение с тем, что имеется у него в уме //
- Вот именно, что "у него". Даже если в это включить все, что есть в интернете и во всех хранилищах оцифрованной информации, это меньше, чем вся Вселенная вместе с платоновским "миром идей" :)

[egovoru.livejournal.com]

"Даже если в это включить все, что есть в интернете и во всех хранилищах оцифрованной информации, это меньше, чем вся Вселенная вместе с платоновским "миром идей"

Но ведь и в голове конкретного человека содержится тоже гораздо меньше, чем "вся Вселенная вместе с платоновским "миром идей""? Тем более, что у нас нет прямого доступа к содержанию умов других людей, что могло бы расширить этот запас?

[yoginka.livejournal.com]

//Но ведь и в голове конкретного человека содержится тоже гораздо меньше, чем "вся Вселенная вместе с платоновским "миром идей""? //
- Ну так о том и речь, что есть другие мнения на этот счет. В частности, у Пенроуза, хотя и в довольно скромном виде. А уж в индуизме в этом вопросе полный беспредел :)

[egovoru.livejournal.com]

Вы имеете в виду древнюю идею о совпадении микро- и макрокосма?

Если да, то все равно остается непонятным, почему, если человеческий мозг может вместить весь мир, в том числе платонический, то почему память компьютера этого не может?

[yoginka.livejournal.com]

Вообще-то я имею в виду тождественность Атмана и Брахмана. Или платоновскую идею и том, что знание возникает как воспоминание чего-то, что уже есть в мире идей.
//то почему память компьютера этого не может?//
- Не компьютера вообще, а компьютера в его современном виде, т.е. эквивалентного машине Тьюринга. И Пенроуз неоднократно делает оговорки на этот счет. Там же специально все сделано так, чтобы реализовать детерминированные вычисления и двузначную логику, а остальное отсеять как шум (так называемые "недетерменированные" алгоритмы тоже сводятся к детерминированным). Можно ли сделать компьютеры, имеющие доступ к "миру идей" и/или к Брахману? На этот вопрос пока и не ищут ответ. Споры идут на предшествующем уровне, т.е. о том, пользуется ли человек чем-либо кроме того, что УЖЕ есть у современных компьютеров.

[egovoru.livejournal.com]

"Вообще-то я имею в виду тождественность Атмана и Брахмана"

Да, это и есть идея тождественности микро- и макрокосма.

"Можно ли сделать компьютеры, имеющие доступ к "миру идей" и/или к Брахману? На этот вопрос пока и не ищут ответ"

Поскольку Пенроуз убежден, что математические структуры объективно существуют в платоническом мире, то даже как-то странно, что он исключает компьютеры из числа способных проникать в этот мир :) Впрочем, это уже завело нас в совершенные философские дебри.

Мне кажется, Пенроуз зря думает, что алгоритмы компьютера воспроизводят логику математического доказательства, и anhinga_anhunga подтверждает, что это действительно не так (сама я, конечно, не могу об этом судить с уверенностью). Доказательство теоремы компьютером - это только продукт, результат исполнения его собственного алгоритма, но не сам этот алгоритм.

[yoginka.livejournal.com]

//Да, это и есть идея тождественности микро- и макрокосма. //
- Я в этих терминах не мыслю. Для моих целей достаточно частного случая Атман-Брахман.
//как-то странно, что он исключает компьютеры из числа способных проникать в этот мир :)//
- Не вижу ничего странного в том, что может оказаться, что "треугольник" из платоновского мира не проникает в мир "квадрата", находящегося там же :)
//Пенроуз зря думает, что алгоритмы компьютера воспроизводят логику математического доказательства//
- Нет!!! Он так не думает. Математики обычно строят доказательсва иначе, чем алгоритмы это делают, и он множество примеров приводит в своих книгах. И если посмотреть с другой стороны, а именно, посмотреть на доказательство, построенное компьютером, то оно, как правило, совершенно неудобоваримо для человека. Это одна из главных проблем всех систем автоматического доказательства теорем. Практически невозможно его понять и убедиться, что компьютер не ошибся. А 'баги" никогда нельзя исключить, поэтому нужно научиться как-то контролировать результаты автоматических доказательств.

[egovoru.livejournal.com]

"доказательство, построенное компьютером, то оно, как правило, совершенно неудобоваримо для человека. Это одна из главных проблем всех систем автоматического доказательства теорем. Практически невозможно его понять и убедиться, что компьютер не ошибся"

Да, я читала, что это - серьезная проблема на пути компьютеризации математических доказательств. Вроде бы раньше доказательства, произведенные компьютером, вообще "не засчитывали", но теперь их уже принимают, даже если человеку не удается проверить все стадии.

Что же касается Пенроуза, то я так и не поняла ход его мысли. Его вывод о том, что компьютер принципиально не может воспроизвести процесс человеческого мышления так и кажется мне необоснованным (по сути он ведь говорит именно о мышлении, а не о сознании).